Sebastian Gürtler wurde in Salzburg geboren und erhielt seine Ausbildung bei Helmut Zehetmair, Corrado Romano, Ernst Kovacic und Philippe Hirschhorn. 

Von 1997 bis 2008 war er erster Konzertmeister des Orchesters der Wiener Volksoper. 
2000 gründete er das Ensemble Amarcord Wien in der Besetzung Akkordeon, Violine, Violoncello und Bass, für welches er die meisten der Bearbeitungen schreibt, die den so typischen Amarcordsound kennzeichnen. Seit 2005 ist er Primgeiger im Hugo Wolf Quartett. 

Abseits der klassischen Musikpfade verbindet ihn eine enge Zusammenarbeit u.a. mit den Geigern Benjamin Schmid und  Aleksey Igudesman sowie mit dem Bassisten Georg Breinschmid. Sein komödiantisches und improvisatorisches Talent findet in der Show “Tandem”, “Sebastian der Cyberdirigent“ und “The flying Schnörtzenbrekkers” seinen breit gefächerten Ausdruck. 
Seit 2017 ist er Mitglied bei der Crossovergruppe “Philharmonix”.

Seine Kompositionen und Arrangements sind bei der Edition Walhall verlegt und bei Material Records, VMS und der Deutschen Grammophon erschienen.